延喜式に「御崎社」、出雲国風土記に「美佐伎社」とある古社。赤い楼門をくぐると、正面に「日沉宮」、右手の石段上に「神の宮」があります。日沉宮には天照大御神（あまてらすおおみかみ）、神の宮には素盞嶋尊（すさのおのみこと）が祀られています。2社とも平入りの本殿が唐破風向拝（からはふうごはい）付きの拝殿と続いた権現造りです。

現在の建物は、徳川家光の命により、寛永14年（1637）藩主京極忠高が着手し、同21年（1644）藩主松平直政によって完成しました。桃山時代の面影を残す貴重な神社建築として、14棟一括重要文化財に指定されてています。両本殿とも内壁や天井には、狩野派、土佐派の絵師たちが腕を競いあった壮麗な壁画があります。

天照大神を祀り、今から約1000年前（天暦2年、948年）にウミネコ繁殖地として有名な経島（西に向かって200ｍ）から遷されました。

このお宮は「日沉宮」（社伝によると、素盞嶋尊の御子、天葺根命（あめのふきねのみこと）が御崎の浜（青江の浜）に出かけたとき、経島の百枝（ももえ）の松に瑞光が輝いて天照大神の神託があったので、この島に大神の奉斎しました。

開化天皇2年、島の上に神殿を築き、これが「出雲国風土記」に載る「百枝槐（ももええにす）社」であるともいわれている）ともいわれ、西の海に太陽が沈むところだと言われています。

素盞嶋尊を祀り、背後の隠ヶ丘から遷されたものです（安寧天皇の13年）。歴史をたどると、「出雲国風土記」に「美佐伎の社」、「延喜式」に「御崎社」と記されている古社です。

神代の昔、素盞嶋尊が柏の葉をとりて占い『吾が神魂はこの柏の葉の止まるところに住まん』と仰せになって投げられた柏葉が隠ヶ丘に止まった、とも伝えられ、日御碕神社の神紋の由来とされています。